6月25日，学校发布了《关于征集校庆六十周年标志的通知》，征集工作得到了广大师生、海内外校友和社会各界人士的积极响应，共收到来自全国各地的应征作品80余件。根据网上投票和专家投票的结果，学校确定了候选作品。在此基础上，学校多次邀请专家召开座谈会，进一步征求意见和建议，对候选作品进行了修改与完善，形成了上报学校的校庆标志方案。10月30日，经学校党委常委会议审议，最终确定了学校60年校庆标志。

60周年校庆标志以“60”为核心创意，辅以建校、校庆年份“1953-2013”，并融合浪花、彩虹、五星、船舵、校标等主要元素，表达了哈尔滨工程大学校庆60周年的主题和精神内涵。数字“60”鲜明体现了哈尔滨工程大学喜迎建校60华诞的主题；数字“6”似飞舞的浪花，绚烂夺目、波澜壮阔，体现了哈尔滨工程大学60年办学的光辉历程，寓意学校乘风破浪、勇往直前、不断开拓创新的精神品质；数字“0”为五星、彩虹、船舵的巧妙结合，体现了哈尔滨工程大学忠诚、坚韧的精神品质，继承发扬“哈军工”优良传统，服务国家工业化、信息化和国防现代化的坚定信念，坚持“三海一核”（船舶工业、海军装备、海洋工程、核能应用）办学方略的特色发展理念；数字“0”中间为哈尔滨工程大学校标，点明主题。